• Süßwasserökosysteme, wie Flüsse, Seen, Moore, Auen und sonstige Feuchtgebiete gehören zu den am stärksten bedrohten Lebensräumen auf unserer Erde. 
• Seit 1700 ist die Fläche der Feuchtgebiete global um 90% zurückgegangen. 
• Die Bestände an Säugetieren, Vögeln, Fischen, Reptilien und Amphibien in Gewässern und Feuchtgebieten sind innerhalb der letzten 50 Jahre um 84% eingebrochen. 
• Das menschengemachte Massenartensterben ist in keinem anderen Ökosystem so hoch wie am Wasser. 
• In Mitteleuropa exisitert kein Fluss mehr, der nicht künstlich vom Menschen verändert wurde.
• Über 2 Millionen Querbauwerke hat der Mensch an den Flüssen in Europa errichtet, die für viele Organismen unüberwindbare Hindernisse darstellen und die biologische Vernetzung der Gewässer behindern.
• In Deutschland werden nur noch 1% der rezenten Auen als sehr gering verändert und besonders naturnah eingestuft. 
• Zwei Drittel der Auenflächen in Deutschland sind durch Deiche vom Überflutungsregime der Flüsse abgeschnitten und 98% der rezenten Auen sind menschlichen Nutzungen unterworfen.
• Nur 0,1% der Fließgewässer in Deutschland haben einen sehr guten ökologischen Zustand gemäß der Bewertung nach der Europäischen Wasserrahmenrichtlinie und nur 1,6 % der bewerteten Fließgewässerstrecken gelten hinsichliche der Morphologie als natürlich.

Unsere Eingriffe in die Gewässer sind äußerst vielschichtig und stellen oft schwerwiegende Belastungen dar: 

• Aufstauung durch Querbauwerke, insbesondere zur Abflussregulierung, Schiffbarmachung, Energieerzeugung, Wasserrückhaltung, etc. Die ökologischen Folgen sind insbesondere das Fehlen der Durchgängigkeit, Veränderung des natürlichen Abflussregimes und des Sedimenttransportes, Verringerung des Artenspektrums und der Populationen zahlreicher Arten bis hin zum kompletten Aussterben einzelner Tier- und Pflanzenarten 
• Längsverbauung durch Deiche und Mauern, vorwiegend für die Begrenzung der Ausuferungen und Überschwemmungen bei Hochwasser. Damit ist ein erheblicher Verlust der natürlichen Auenlandschaften und der Eigendynamik der Flüsse verbunden, ebenso wie auch eine ökologische Verarmung. Besonders lebensfeindlich sind oft innerörtlich verbaute Flüsse und Bäche, bei denen teilweise sogar die Gewässersohle betoniert wurde oder die unterirdisch verrohrt verlaufen.
• Wasserentnahmen für Landwirtschaft, Trinkwassernutzung, Kraftwerke, etc. 
• Einbringung von Abflällen, Abwässern, Giftstoffen, Pestiziden, Dünger, Medikamentenrückständen, Mikroplastik, usw. 
• Erwärmung durch die Nutzung als Kühlwasser für Kraftwerke. Da die Löslichkeit von Sauerstoff in Wasser mit steigender Wassertemperatur abnimmt, kommt es durch die Erwärmung des Wassers zu einer Verringerung der Sauerstoffkonzentration in Flüssen, was für einige Arten lebensbedrohlich oder auch tödlich sein kann.
• Gewässerbegradigungen, künstliche Einengung durch Buhnen und sonstige Einbauten, Abschneiden von natürlichen Flussschleifen, Mäandern, Altarmen, Nebenrinnen und Flussverzweigungen, z. B. für die Schifffahrt, für den Hochwasserschutz und für die Schaffung von Siedlungs- und Landwirtschaftsflächen. Auch hierbei wird den Flüssen die Eigendynamik beraubt und das ökologische Gleichgewicht massiv gestört.
• Zugleich werden solche kanalisierten Flüsse regelmäßig ausgebaggert, um den Abflussquerschnitt freizuhalten, so dass sich die Natur in solchen Gewässern nicht mehr vollständig erholen und regenerieren kann. 
• Beim Schiffsverkehr entstehen zusätzliche permanente Belastungen der Gewässersohlen und der Ufer durch die Schiffschrauben und den unnatürlichen Wellengang. 
• Großflächige künstliche Deckwerke aus Steinen und Beton, Buhnen, Wehre, Schleusen und Hebewerke stellen ebenfalls massive Eingriffe in die Natur dar. 
• Laufverkürzungen und Geschiebedefizite führen zu Eintiefungen der Fließgewässer und zur Absenkung des Grundwasserspiegels, wodurch die angrenzenden ökologisch wertvollen Auwälder austrocknen. 
• Abholzung von Wäldern und von natürlich bewachsenen Uferstreifen sowie die Nutzung von Auen als Ackerflächen führen zu massiven Bodenerosionen, einem erhöhten Eintrag von Feinsedimenten und landwirtschaftlichen Nähr- bzw. Schadstoffen, zur Verringerung der Beschattung, Zunahme der Eutrophierung und Verschlammung der Gewässersohlen. 
• Trockenlegung und Entwässerung von Feuchtgebieten, Auen, natürlichen Überschwemmungsflächen mit deutlichem Rückgang der Biodiversität
• Freizeitdruck durch immer mehr Menschen, die an den Gewässern Erholung suchen, baden, radfahren, wandern, kanufahren, tretboot-, schiff- oder SUP-fahren, tauchen, schnorcheln, segeln, angeln, rudern, grillen, feiern, ... und dabei der Natur selbst keine Erholung mehr ermöglichen. Besonders problematisch ist die Störung von bodenbrütenden und auf gewässerbereiche spezialisierte Vögel, wie Flussuferläufer oder Flussregenpfeifer, die auf Kiesbänken ihre Jungen aufziehen und sehr empfindlich auf Störungen reagieren.  

Zusätzlich zu den oben genannten direkten Belastungen, kommt für viele Gewässer eine weitere indirekte menschengemachte Belastung hinzu, der Klimawandel. Dieser zeigt u. a. folgende nachteilige Auswirkungen auf Süßwasserökosysteme:

• Infolge höherer Temperaturen verdunstet mehr Wasser von Gewässeroberflächen, aus dem Boden und den Pflanzen und die Luft (Atmosphäre) kann mehr Wasser aufnehmen. Dadurch kommt es einerseits zu einer Zunahme an Starkniederschlägen, Überschwemmungen und Schäden an menschlichen Nutzungen sowie auch an Menschen selbst. 
• Der Klimawandel bedingt andererseits aber auch eine deutliche Zunahme an Dürren und Hitzewellen in vielen Regionen der Welt, darunter leidet sowohl die Natur wie auch die Menschen und ihre Nahrungsmittelproduktion und Wasserversorgung. Konflikte um Wasser nehmen immer mehr zu und Süßwasser wird indirekt sogar als Waffe gegen Nachbarländer oder zwischen unterschiedlichen ethnischen Gruppen eingesetzt (z.B. zwischen Türkei und Syrien, im Irak, Jemen oder in Mali). Auch in Europa wird die deutliche Zunahme der Dürreperioden zu einem wachsenden Problem.
• Höhere Temperaturen bedeuten auch, dass weniger Niederschlag als Schnee in den Bergen zurückgehalten wird und verstärkt als Regen niederfällt und abfließt. Dadurch wird die Dimension der Überschwemmungen weiter erhöht und zugleich der Rückhalt des Niederschlagswassers in Schnee und Gletschern in den Bergen verringert, wodurch deren Abfluss in der warmen und trockenen Periode geringer ausfällt.
• Die Verknappung von Wasserressourcen in Verbindung mit einem stark gestiegenen Verbrauch durch die wachsende Weltbevölkerung führt dazu, dass einige Regionen sich bereits dem Punkt des "peak water" nähern oder diesen bereits erreicht haben. So wird der Zustand bezeichnet, bei dem die Entnahme von noch mehr Wasser aus der Umwelt aus physikalischen, ökonomischen oder ökologischen Gründen nicht mehr möglich ist. Beispiele für solche Regionen sind der Aral-See, der Colorado-Fluss oder Gebiete in Südspanien.
• Auch der Anstieg des Meeresspiegels ist inzwischen eine allgemeine anerkannte negative Folge des Klimawandels (verursacht durch das Abschmelzen von Gletschern und des Eises in den Polarregionen sowie durch die wärmebedingte Ausdehnung des Meerwassers).  Durch den Anstieg des Meeresspiegels dringt mehr Salzwasser in die küstennahen Grund- und Oberflächenwasserkörper, wodurch Trinkwasserquellen für die Landwirtschaft und für andere menschliche Nutzungen unbrauchbar werden und auch die aquatischen Ökosysteme in Mitleidenschaft gezogen werden.